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Annie Jump Cannon nació el 11 de diciembre de 1863 en Dover, Delaware. Se interesó por la astronomía desde una edad temprana, ya que ella y su madre hicieron referencia a un antiguo libro de texto de astronomía para identificar las estrellas vistas desde su ático. Asistió a Wilmington Conference Academy, hoy conocida como Wesley College, ubicada en Dover. Cannon luego asistió a Wellesley College en Massachusetts, una de las mejores escuelas académicas para mujeres. Fue estudiante de Sarah Frances Whiting, una de las pocas mujeres físicas en los Estados Unidos en ese momento. Se graduó como valedictorian con un título en física en 1884. 

En 1896, Cannon se convirtió en miembro de "Pickering's Women", un grupo de mujeres contratadas por el Observatorio de Harvard. Creó el Harvard Classification Scheme, el primer intento serio de organizar y clasificar estrellas en función de sus temperaturas y tipos espectrales.

 En 1925 se convirtió en la primera mujer en recibir un doctorado honorario en ciencias de la Universidad de Oxford. En 1935, creó el premio Annie J. Cannon para "la mujer de cualquier país, cuyas contribuciones a la ciencia de la astronomía son las más destacadas".